หลังจากนั้นให้เรากลับบ้านไปนอน พอตื่นตอนเช้า Jasmine รู้สึกผิดจึงออกไปที่ Urainternet 1 จนถึง 3 ก็จะเจอ Medi อยู่ที่นั่นแต่ว่าเราต้องสู้กับเธอเมื่อชนะแล้ว เธอก็จะช่วยเปิดประตูให้ เพื่อเดินทางไปต่อ
Urainternet 4 ซึ่งจะเป็น Liberate Mission อีกอัน โดยหัวหน้าของแผนที่นี้ก็คือ Dark Blues! พอปราบ Blues ได้แล้ว Cosmoman จะมาช่วยพาหนีไป หลังจากนั้นเราจะกลับมาที่บ้าน
เมื่อกลับมาบ้าน Dr.Regal ผู้บงการเบื้องหลังทั้งหมดออกทีวี และเมื่อ Netto เห็นเลยต้องไปช่วย แค่แม่ก็ออกมาห้าม แต่ถึงยังไง Netto ก็ต้องไป แม่จึงให้ "เครื่องราง" ติดตัวไว้
หลังจากออกจากบ้านก็จะได้รับเมล์จากกลุ่ม Nebula ว่าจะทำลายญี่ปุ่นโดยติดตั้งระเบิดไว้แล้ว ให้เราไป Plug-in เข้ากับต้นไม้หลังรถไฟใต้ดิน เมื่อเข้าไปแล้วก็จะเจอระเบิด
แต่ว่า Searchman V2 โผล่เข้ามาแล้วจะทำร้ายเรา จึงต้องสู้ เมื่อสู้เสร็จแล้วให้ไปที่ร้านชิพคุยกับ Enzan ซึ่งเขาจะบอกว่า Server เล็กๆของทุกที่จะถูกทำลาย หลังจากนั้น
ให้เราไปในที่สถาบันวิจัยให้ Plug-in เข้ากับเครื่องที่อยู่ข้างหน้าสุด เข้าไปแล้วจะเจอ Magnetman V2 แล้วก็ไปต่อกันที่ End City ไป Plug-in เข้ากับปลาที่อยู่บนหลังคา
เมื่อเข้าไปถึงข้างในสุดก็จะเจอระเบิดแล้ว Gyroman V2 จะออกมาให้ปราบเขาแล้วไปต่อที่เครื่องต่อสู้ที่อยู่บ นเรือจะเจอกับคนใช้ Napalmman ท้าสู้ เมื่อชนะแล้วก็จะไปทำลายซึ่งจะเป็นชิ้นสุดท้าย
หลังจากนั้นให้เราเข้า Internet ไปที่ Urainternet Area 4 เมื่อมาถึงข้างในสุดจะเจอเครื่อง.. แต่ว่า Rock Buster ทำอะไรไม่ได้ ทันใดนั้นเอง DarkBlues ก็ปรากฏและช่วยทำลายซึ่งเป็นที่รู้ว่า
พลังความมืดไม่สามารถครอบงำจิตใจของ Blues ได้หมด จากนั้น Medi จะเข้ามาช่วยทำให้ Blues กลับเป็นเหมือนเดิมแล้ว Kernel จะเข้ามาพูดถึงพลังความมืด ตอนนั้น พลังความมืดก็ได้กระจายออกมา
Kernel ก็เลยจัดการ Blues แล้ว Rockman ก็จัดการพลังความมืดทำให้ Blues กลับมาเหมือนปกติอีกครั้ง จากนั้นให้เรากลับไปที่บ้าน แล้วแม่ก็จะเอา Data Disk มาให้ ให้เราเข้า Internet ไป
ที่ Kagakusho Area 3 แล้วสำรวจทางข้างบนขวาสุด แล้วใช้ Data Disk ก็จะเจอประตูย้อนยุคของสถาบันวิจัยแล้วได้ยินคุยกันถ ึงเรื่อง Kokoro Network จากนั้นให้เรากลับบ้านไปนอน
หลังจากตื่นนอนแล้ว ให้ลงมาคุยกับแม่เพื่อลาไปทำงานชิ้นสุดท้าย จากนั้นก็ไปที่หน้าร้านขายชิพแล้ว Enzan จะพาเรามายังฐานของ Nebula แล้ว Jerry จะเดินทางเข้าไปสำรวจข้างในก่อน
ต่อมาให้เราเดินเข้าไปตามโดยเข้าทางหลังโรงงาน ให้เราเดินเข้าไปข้างในต่อไปก็จะ Plug-in เข้ากับเครื่องควบคุม โดยจะมี Magnetman มาคอยช่วย (สามารถเปลี่ยนตัวโดยกดปุ่ม Select)
ซึ่งให้เราเอาตัวละครสลับกันเหยียบปุ่มเพื่อเปิดทางโ ดยให้ Magnetman เหยียบปุ่มสีแดง Rockman เหยียบปุ่มสีฟ้าโดยสลับ แดง, ฟ้า, แดง, ฟ้า, แดง ตามลำดับ เมื่อถึงข้างในสุดจะเจอ Blizzardman V2 เมื่อปราบได้แล้ว Magnetman จะถูกดูดเข้าไป
ให้เรา Plug-out ออก แล้วไปคุยกับ Tesura จากนั้นให้เดินขึ้นไปต่อชั้นสอง เมื่อมาถึงแล้วจะเจอเครื่องที่ 2 แต่ว่ามีพวก Nebula มาเห็น แต่ทว่า Nebula ตัวนั้นเจอลูกถีบของ Jerry เข้าให้
แล้วเราก็ Plug-in เข้าไปเลย ซึ่งจะคล้ายๆแบบเมื่อกี้แต่จะเปลี่ยนเป็นปุ่มสีเหลือ งสำหรับให้ Gyroman เหยียบ ซึ่งให้เหยียบตามลำดับดังนี้ เหลือง, ฟ้า, เหลือง, ฟ้า , เหลือง จนมาถึงสุดทาง
จะเจอกับ Shademan V2 ให้สู้กับเขา แต่ก่อนสู้ Gyroman โดนดูดเข้าไปเหมือน Magnetmanเมื่อชนะแล้วให้เราไปต่อที่ชั่น 3 แล้วกดสำรวจตรงที่ Barrier ที่กั้นอยู่โดยที่นี่ต้อง Plug-in เข้าไป 3 คน
ซึ่งที่นี้ Napalmman จะเหยียบปุ่มสีม่วง Searchman เหยียบสีเขียว ให้เหยียบตามลำดับดังนี้คือ ม่วง, เขียว, ฟ้า, ม่วง, ฟ้า, เขียว, ม่วง จนสุดทางจะเจอกับ Cloudman V2 เมื่อปราบได้แล้ว
Searchman กับ Napalmman จะถูกดูดเข้าไปให้เราเข้าไปต่อ ซึ่งจะเป็นที่ Plug-in 3 คนอีกแล้ว คราวนี้ Jasmine กับ Enzan จะเข้ามาร่วมด้วย
โดย Blues เหยียบปุ่มสีแดง Medi เหยียบสีพีช ให้เราเหยียบดังนี้คือ แดง (อันที่อยู่ใกล้ที่สุด) , พีช, แดง, พีช, Rockman เดินข้ามประตูแล้วต่อด้วย แดง (ฝั่งตรงข้าม) , พีช (ฝั่งตรงข้าม) , ฟ้า, แดง, พีช
จบมาถึงในสุดจะเจอกับ Cosmoman แล้ว Blues กับ Medi ก็โดนดูดไปอีกแล้ว จากนั้นเราก็สู้กับ Cosmoman เมื่อชนะแล้วให้เราเดินเข้าไปที่ห้องควบคุมของ Nebula
แล้ว Plug-in เข้ากับตู้โชว์ตู้ที่ 3 เขาไปคุยกับ Navi ที่สลบอยู่ข้างในแล้ว Plug-out ออกมาสำรวจที่ตู้โชว์ใบแรก ก็จะได้ PET ของ Dekao, Mail และ Yaito แล้วให้สำรวจที่ตู้กลางต่อ
ก็จะเจอทางลับไปสู่ Kokoro Network เมื่อไปถึงแล้ว เราจะเจอกับพ่อของเราและ Rigal ซึ่ง Rigal กำลังติดตั้ง Nebula Grey ให้เราเข้าไปทำลายมันซะ ซึ่งการสู้ครั้งนี้จะเป็นการสู้ครั้งสุดท้าย
เมื่อชนะแล้ว พลังความมืดจะพยายามเข้ามาครอบงำ Rockman อีกครั้ง แต่ว่าไม่สำเร็จ Rigal จึงเอาพลังความมืดมาอีก คราวนี้ Kernel จะมาช่วยกั้นให้เราและบอกให้เราจัดการ
แต่ว่าตอนนั้น Rock Buster ของ Rockman ใช้ไม่ได้แล้ว ในตอนนั้นพวกเราทุกคนรวมพลังส่งให้ Rockman ยิง Rock Buster ออกไปเป็นอันสำเร็จ ตอนนั้นลุงของ Netto
ก็ได้เข้ามาซึ่งเขานั่นเองเป็น Operator ของ Kernel แล้วตอนนั้น Kokoro Server เกิดการ Overload และทุกคนก็กลับออกมาได้อย่างปลอดภัย THE END