เริ่มเกมมาให้เราลงไปคุยกับแม่ แล้วขึ้นมา Plug-in เข้าที่คอมของเรา ก็จะมีสอบวิธีการเล่นนิดหน่อย ให้เราไปที่ Akihara Area 2 เพื่อเอารายการแม่จะสั่งมาทำอาหารไปส่ง จากนั้นให้ไปคุยกับแม่ และคุยกับเพื่อนทุกๆคน
เพื่อเตรียมตัวไปสถาบันวิจัยด้วยกัน ให้เราลงรถไฟใต้ดินไปแล้วขึ้นไปหาพ่อ เมื่อคุยกับพ่อสุกพัก พ่อจะถูกลักพาตัวไปจากนั้นเราจะกลับมานอนทั้บ้าน แล้วก็ Plug-in เข้าไปใน Internet ใหม่ ซึ่งตอนนี้ จะถูก กลุ่ม Nebula
ยืดไว้ ให้เอาชนะมัน หลังจากนั้นให้ออกมาคุยกับแม่ แล้วก็ไปคุยกับ Mail ที่หน้าสถาณีรถไฟ จากนั้นก็ไปยังสถานวิจัย แล้วไปที่ห้องพ่อแล้วสำรวจที่คอมพิวเตอร์ก็จะได้ "บัตรประจำตัวของพ่อ" จากนั้นให้เราไปที่ห้องข้างล่าง
แล้ว Plug-in เข้าไปที่เครื่องนั้น จะเจอกับปัญหาเรียงตัวเลข ให้เรียง 762 ต่อไปก็ จาก 123 เป็น 231 ต่อมาก็เรียง 123 456 -> 425 361 ต่อไปเรียง1234 5678 -> 8255 6173 ต่อไปก็ 123 456 789 -> 743 951 286 อันสุดท้ายเมื่อเราไปถึง Program ลืมคำใบ้ ให้เราไปสำรวจที่โต๊ในห้องของพ่อจะได้ บันทึกมา
แล้วกลับไปที่ห้องนั้นใหม่ มาสุดทางจะเจอ Blues พอชนะแล้วให้เราเดินเข้าไปยังห้องของ Enzan ข้างในคุยกับเขา จากนั้นก็กลับบ้านนอน วันรุ่งขึ้น Blues จะรอเราอยู่ที่ Akihara Area 2 ให้เราไปที่นั่น
เมื่อถึงแล้วคุยกับเขาแล้วเขาจะพังประตูเข้าไป ซึ่งจะเป็น Liberate Mission ซึ่งหัวหน้าข้างในจะเป็น Blizzardman เมื่อชนะแล้วให้เรากลับไปที่ห้องเราแล้ว Plug-in ไปยัง Akihara Area 3 (ที่ที่สู้เมื่อกี้)
แล้วคุยกับตัวโปรแกรมที่นั่น จากนั้นให้เราออกมาเตรียมตัวไปเกาะ Oran เมื่อมาถึงแล้วให้เราลงไปเล่นที่ชายหาด จากนั้นก็เช๊คเมล์ทุกอันแล้วก็ Plug-in ที่เสากระจายเสียงแล้วไปที่ Oran Area 1
แต่ว่าเราไปต่อไม่ได้จึงต้องออกมา แล้วให้หาของเอาไว้ตกปลาซึ่งจะอยู่ตรงที่ กอไผ่, แถวๆท่าเรือด้านล่าง และน้ำตก จากนั้นไปคุยกับ Dekao แล้วก็เดินไปยังมุมซ้ายสุดของแผนที่เพื่อตกปลา จากนั้นจะสร้างกองไฟขึ้นมา
ให้เราไปเอาอุแกรณ์ที่ต้นไม้แห้ง พุ่มหญ้า และท่อนไม้ที่ทราย แล้วคุยกับ Dekao จากนั้นก็จะเริ่มก่อกองไฟขึ้น ต่อมา Dekao วิ่งไปที่เหมืองที่อยู่ข้างบน ให้เราเช๊คเมล์อีกทีซึ่งจะมีเมล์เกี่ยวกับ
Navi Customize ให้ติดตั้งให้เรียบร้อยแล้วไปตามไปที่เหมือง พอเราไปถึง เพื่อนเราจะตกลงไปข้างล่าง ให้เราเข้าไปที่เหมืองแล้วสำรวจที่ลิฟท์ก็จะสามารถขึ ้นได้ ให้เรา Plug-in เข้ากับโทรโข่งที่เหมือง
เมื่อเข้าไปแล้วจะเจอ Navi สีน้ำตาล ให้คุยกับเขาและจ่ายเงิน 1000z เพื่อเปิดล๊อคประตู เมื่อเปิดได้แล้วให้เดินไปต่อก็จะเจอประตูอีกอัน ให้เข้าไปสำรวจก็จะใช้ PET สู้ อีก 2 ประตูข้างหน้าก็ทำเช่นนี้
เมื่อผ่านแล้วไปเรื่อยๆจะเจอกับ Tesura คุยกับเธอแล้วให้เรา Plug-in เข้ากับ หัวขุดเจาะทั้ง 4 อัน เพื่อให้หัวขุดเจาะหยุดซึ่งหัวสุดท้ายจะเจอกับ Magnetman ให้ปราบเขา เมื่อหยุดแล้วให้เราเดินลงไปช่วยเพื่อนเราต่อ
ซึ่งประตูจะถูกล๊อคไว้ ให้เรา Plug-in เข้าไปสำรวจภายในนั้นแล้วก็จะช่วยเพื่อนออกมาได้ ต่อมาให้เราไปที่ชายหาดแล้ว Plugin เข้ากับโทรโข่งเพื่อไปยัง Oran Area 1 และไปหา Blues ที่เดิม เมื่อถึงแล้ว
Magenetman จะช่วยกันกระสุนไว้แล้วเราจึงสามารถผ่านไปยัง Oran Area 3 ได้ซึ่งจะเป็น Liberate Mission หัวหน้าจะเป็น Shademan เมื่อปราบทได้แล้วให้เรากลับไปที่เมือง แล้วPlug-in เข้าไปใน
กระรอกที่อยู่ที่สนามเด็กเล่น แล้วเดินไปตามทาง ดังนี้คือ 1, 9, 10, 14, 16 ก็จะเจอกับ Gyroman คุยให้เสร็จก็เป็นอันจบธุระ

หลังจากที่เราเข้าไปใน Ris (กระรอก) เพื่อหาไจโรแมนเจอแล้ว เอ็นซันจะโทรมาหาว่ามีปัญหาที่ Oran Area ให้เรากลับไปที่บ้านแล้วเดินไปยัง Oran Area
โดยไปที่ Oran Area 2 พอปราบพวกไวรัสใน Area นั้นเสร็จ ให้กลับไปที่ Oran Area 3 ซึ่งทางบนสุดจะเข้าได้แล้วไปซึ่งเป็น Kagakusho Area พอไปถึง Area2จะเจอสีม่วงๆขวางทางอยู่
แล้วเอ็นซันจะบอกให้เรากลับมา เสร็จแล้วก็ให้เรานอน ตื่นขึ้นมาจะได้รับเมล์จาก Tesura ให้เราไปที่เกาะ Oran เพื่อไปหา Tesura ซึ่งจะอยู่ข่างในสุดที่เดิม ในระหว่างทางที่เดินจะเจอคนใช้ Footman
ถ้าสู้ชนะก็จะได้ชิพมา เมื่อเข้าไปจนสุดแล้วคุยกับ Tesura แล้วเธอจะวานให้ช่วยเอาโปรแกรมที่อยู่ในเครื่องทั้ง 4 จุดออกมาให้หน่อย ซึ่งเมื่อเอาออกมาครบแล้วให้เราไปที่สำนักงานไปในห้อ งเอ็นซัน
เมื่อคุยเสร็จแล้วทางเกาะ Oran จะเข้าไม่ได้อีก ให้เราเข้าจากที่บ้านเพื่อไป Oran Area เมื่อมาถึงจะเจอ Gyroman ซึ่งเขาจะบินไปก่อน ให้เราตามไป ซึงตอนนี้ใน Area นั้นจะมีควันอยู่ ให้เราคุยกับตัว Program
ที่อยู่ตรงนั้นก็จะได้ MegaVacumn เอาไว้ดูดพวกควันต่างๆ ถ้าเต็มให้กลับไปคุยกับหุ่นตัวนั้น ให้เราเข้าไปเรื่อยๆจนเจอ Gyroman จนถึง Area 2 แล้วให้เราตามไปต่อที่ Area 3 ผ่านไปทาง Kagakusho Area จนถึง
Kagakusho Area 2 ก็สู้กับ Gyroman เมื่อสู้เสร็จ Blues จะโผล่มาแล้วเดินไปกับ Gyroman ไปตรงควันสีม่วง ซึ่งก็รู้ว่าเป็นเพราะ DarkChip Gyroman ก็เปลี่ยนร่างเป็นเครื่องบินแล้วไปทำลาย และต่อไปก็จะเป็น
Liberate Mission อีกซึ่งหัวหน้าด่านจะเป็น Cloudman ซึ่ง Mission นี้จะต้องหากุญแจปลดล๊อค Panel เมื่อเราชนะแล้วก็จะมาคุยกัน แต่ระหว่างคุย Rockman ได้ถูกก้อนเมฆจับตัวไป หลังจากนั้นเราก็กลับไปนอนที่บ้าน
เมื่อตื่นขึ้นมาแล้วให้เราไปที่สำนักงานโดยตอนนี้ท่า เรือเปิดแล้วให้คุยกับเอ็นซันที่นั่น แล้วให้ตามไปคุยต่อที่ห้องของเอ็นซันแล้วเขาจะลงโปรแ กรมใหม่ให้ซึ่งจะให้เราใช้ Blues เสร็จแล้วให้เราไปที่ Kagakusho Area 4
เพื่อหากุญแจมาปลดล๊อคประตูที่ Ora Area 2 เมื่อถึง Kagakusho Area 4 แล้ว เดินตามทางจะเจอ Navi ยืนอยู่หน้าประตู ให้คุยแล้วเลือกต่อสู้เมื่อชนะจะได้กุญแจปลดล๊อค ให้เราเดินตามทางต่อไปจะเป็นทางลัดกลับมา Ora Area2
เสร็จแล้วให้เราไปสำรวจที่ประตู Ora Area 2 ก็จะเปิดได้แล้ว ซึ่งจะเป็นทางไป End Area 1 ไปตามทางเรื่อยๆจะเจอกับ Dark Rockman เข้ามาคุย แล้วทำท่าจะสู้ แต่พวกไวรัสก็ออกมาไม่ให้ Dark Rockman สู้ และเรียกพวกออกมา 12 ตัว
เราจึงต้องนำ Blues Plug-out มาก่อน แล้วไปหาเอ็นซัน ต่อไปก็ไปที่เกาะ Ora ไปคุยกับ Tesura ก็จะได้ "บัตรเชิญ" หลังจากนั้นให้เรากลับไปนอนเพื่อรอไปร่วมงานปาร์ตี้ ให้เราไปที่สำนักงานและไปที่ท่าเรือ
คุยกับคนตรงนั้นก็จะขึ้นเรือได้ เมื่อขึ้นเรือแล้วจะเห็นคนคุยกันอยู่ ให้เราไปคุยกับคนผมทองเขาจะให้ ที่เก็บStamp ให้เราไปหาจากที่ต่างๆซึ่งจะอยู่ที่ หัวเรือ,ใต้เบาะที่โซฟา, พวงมาลัยเรือ เสร็จแล้วกลับไปคุยกับชายผมสีทอง
ก็จะได้เงิน 1000 Zenny แล้วเขาจะขอให้เราสู้กับคนที่อยู่บนเรือ แต่ว่าเกิดเหตุขัดข้องซะก่อน ทีนี้ให้เราไปที่ประตูแล้วใส่รหัสปลดล๊อค 11922911 เมื่อเข้าไปแล้วให้เดินไปที่เครื่องในสุดแล้ว Plug-in เข้าไปแล้วเข้าไปในสุดจะเจอกับ Navi

แต่ว่ามันจะหนีไปซะก่อน ตอนนี้เราจะเข้าไปในห้องปารตี้ได้แล้วให้คุยกับคนที่ อยู่บนเวทีก็จะคุยกันถึงเรื่อง BoosterSystem ที่มีคนขโมยไป ให้เราเดินสำรวจกระจกที่มุมของห้องนั้น ก็จะตัดมาคำถาม ให้เราตอบอันที่ 3,2
เสร็จแล้วให้ไปที่ห้องเครื่องยนต์แล้วไปสำรวจที่แผงไ ฟที่อยู่ในสุดแล้วเราจะมาที่ดาดฟ้าเรือแล้วก็ไปต่อที ่ห้องควบคุมจะเจอคนที่ขโมย BoosterSystem ไปและก็ Plug-in ไปแก้ระบบซึ่งเมื่อถึงในสุดก็จะเจอ Napalmman
พอปราบได้แล้วไปลุยต่อที่ End Area 1 (ที่ที่เจอ DarkRockman) คราวนี้เมื่อมาถึงเราจะเรียก Napalmman มาช่วยจัดการแล้วจะเดินต่อไป End Area 2 ได้ เมื่อเดินไปเรื่อยๆก็จะเป็นสู้แบบ Liberate อีก
ซึ่งคราวนี้หัวหน้าจะเป็น Dark Rockman เมื่อปราบได้แล้ว Rockman ก็จะกลับเป็นปกติ แล้วพวกเราก็จะมารวมตัวกันที่ห้องของ Enzan เพื่อวางแผน ซึ่งคราวนี้แผนคือต้องไปที่ End Area 5 เมื่อคุยกันเสร็จจะได้รับเมล์
ให้เปิดเช๊คดูจะมีเมล์เกี่ยวกับ ChaosUnion หลังจากนั้นให้คุยกับทุกคนแล้วค่อยคุยกับเอ็นซัน ก็จะได้ Folder2 เอาไว้จัดชิพเพิ่มแล้วก็เดินทางไปยัง End Area 4 กันเลย ให้เราไปเรื่อยๆจนถึงทางกั้นที่ End Area 4
พวกเราก็จะมารวมตัวแล้วแยกย้ายไปหา .... ซึ่งให้เราไปหาที่ห้องพ่อโดยก่อนที่จะถึงห้องก็ได้เจ อกับคนที่เป็นเจ้าของ Searchman หลังจากนั้นให้ไปสำรวจที่เครื่องคอมพิวเตอร์ใหญ่ในห้ องพ่อก็จะได้ข้อมูลมา หลังจากนั้นออกไปนอกตึก
ไปคุยกับโอเปอร์เรเตอร์ของ Searchman แล้วเขาบอกให้เราไปที่ห้องของพ่อใหม่ แล้วเขาจะตามไปไปที่ห้องอละจะได้รับ "จดหมายของพ่อ" ให้เรากลับไปที่บ้านแล้วไปสำรวจบ้านสุนัขผ่านกระจกที ่อยู่ในบ้าน ต่อไปให้
ไปที่เกาะ Oran แล้วไปที่เหมืองซึ่งก่อนที่จะถึงเครื่องเจาะจะมีที่ป รับอากาศอยู่ให้ Plug-in เข้าไปแล้วเดินไปทางริมขวาบนสุดแล้วกดสำรวจก็จะไขข้อ ตวามปริศนากระจ่างได้และได้รับเป็น "Memory Data" และจะสามารถเดินทางไป
End City ได้แล้วพอไปถึงเดินไปที่ททางหน้าปราสาทจะเจอ Raika ให้เข้าไปคุยกับเขาแล้วเขาจะเดินจากไปให้คุยกับคนที่ หน้าปราสาทต่อ เขาจะบอกเกี่ยวกับตึกนี้ โดยสามารถเข้าไปได้โดยไป Plug-in ที่รูปปั้นม้าข้างล่าง
แล้วไปที่ End Area 3 ซึ่งเมื่อมาถึงปราสาทในอินเตอร์เน็ตแล้วจะเจอ Searchman แล้วเขาก็หนีไป ให้เราออกมาแล้วไปคุยกับคนที่หน้าปราสาทใหม่คราวนี้เ ขาจะให้เราเข้าไปข้างในแล้วให้ไปที่บนหลังคาจะเห็นปล าอยู่ ให้สำรวจด้านหน้าปลาตัวขวา
ก็จะได้ "กุญแจเก่า" กับ "Text Data" ต่อมาให้ไปที่ Akihara Area 3 ไปทางซ้ายสุดที่เป็นตาราง 9 ช่องและมีหุ่นยืนอยู่ ให้สำรวจบริเวณนั้นก็จะเจอทางเข้าซึ่งเมื่อเข้าไปแล้ วจะย้อนยุคไป ให้เราคุยกับทุกคนในแผนที่
เมื่อคุยเสร็จเราก็จะตัดสินใจเดินทางกลับ แต่ว่าก่อนจะกลับเห็นพวก Nebula ออกมาเราจึงต้องปกป้อง Area นี้โดยการกำจัดทั้งหมดซะเมื่อหมดแล้วก็จะเดินทางกลับ แต่ว่าเจอ Searchman ซึ่งที่จริงแล้วเขาเป็นพวก Nebula
แล้วเขาก็หนีไป ให้เราไปบอก Enzan ที่ตึกวิจัย แต่ว่า Enzan ก็ยังไม่ปักใจเชื่อ หลังจากนั้นให้เราไปนอนที่บ้าน เมื่อตื่นขึ้นมาแล้วก็ให้ไปที่ สำรวจปราสาทที่อยู่ใน End Area 3 ก็ได้รู้ว่า มีพวก Nebula มาก่อกวน